本片紧接上一部动画电影延续了《真人快打传奇:蝎子的复仇》的故事,围绕雷电大人和邵康(Shao Kahn)争夺地球展开。上一场比赛结束后,绍康决定向地球宣战,并在入侵地球的时候带上了自己的部下玲子、金太郎、杰德和吉塔娜等人。蝎子在解决个人问题之后,退居二线,这次由刘康挑起大梁,解决邪恶反派独一者(the One Being)。英雄们受到了绍康的攻击,为了增加地球一方的胜算,雷电大人主动舍弃自己的神性,以普通战士身份参加决斗。这迫使好人们前往外部世界保护地球,蝎子则前往寻找能够呼唤神秘存在的上古神物,如果失败神秘存在将会毁灭宇宙。