《神灵狩》讲述在距离电脑发达的很早以前，在那个被称为现世的世界中仍然残留日本的原始风景。在一个偏远的小城市中，古森太郎、大神信、中岛匡幸这三个中学生都有着自己无法忘记的过去。于是，三人出于不同的理由，他们的魂魄由现世来到了幽世。在那里冒险的三人渐渐知道了很多自己并不愿意去了解的秘密。 居住在水天町的三位中学生，都有着各自无法抹杀却又不想回忆起的过去，不知是否因为相同的原因，他们的灵魂会发生体外脱离...

喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加...