在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等...

一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……...

泽渡家的姐妹泉和美月为了保护宠物鳄鱼而离家出走，走投无路的她们经过一间大宅，发现招募女仆的告示。这间豪宅的主人是一位14岁少年——中林义贵，因为义贵的父母意外过世，义贵只得继承万贯家财，一个人住在豪宅。 泉见义贵一表人才，便接受女仆的工作。可是没过多久，义贵就暴露了自己的兴趣，原来义贵是一个“萝莉控、制服狂、偷拍狂及GalGame狂”！ 想要逃跑的泉慌乱下打碎义贵的一个花瓶，欠下巨额债务，难道两姐...

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