在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与...

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃...