《海物语》讲述那里是能够映照出耀目阳光的海底，是以人类姿态并且纯洁无垢的少女、跟鱼类共同生活的地方。名为玛琳女孩，是居住在海的世界里，跟妹妹乌琳一样对空中（地上）世界充满憧憬的海人。有一天，一只美丽的戒指落入海的世界里。玛琳和乌琳两姐妹为了把戒指交还给原本的拥有者而初次离开了海的世界。两人好不容易的来到了一个周边被海所包围的小岛。有一位名叫夏音的女子高中生在这个在小岛上生活着。她是一名性格阴暗的少...

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机...