《极上生徒会》讲述兰堂梨乃自从父母双亡后，就与手中操纵的布偶小布相依为命。某天，通过笔友波比特先生的介紹，梨乃決定转入坐落于宫神半岛的宫神学园就读。当抵达半岛上时，梨乃却发现波比特先生提供的公寓已被烧毀，并在报到当天碰到许多奇奇怪怪的事情，最后更莫名其秒地当选上了代表学园最高许可权的机构极上学生 会的书记。学生会会长神宫司奏是第一次和梨乃见面，却为何会知道她的名字？笔友波比特先生的来历究竟是？女孩...

虽然说青春期的男孩子对女孩子感兴趣是极为正常和健康的事情，但少年横寺阳人（梶裕贵 配音）显然已经超出了正常的范围，在他的脑子里，除了妹子外别无他物，就连加入田径社这么热血的事情，也只是因为可以看见游泳社的女孩子们穿泳装。田径社社长似乎想把自己的位子传给阳人，而阳人温吞的性格导致他根本无法拒绝。 当好友告诉阳人向不笑猫像许愿可以解决烦恼的时候，阳人仿佛看到了新的希望。在前往许愿的途中，阳人遇到了少女...